Au sens de la Directive cadre du l'eau, une "masse d'eau" désigne un lac, un réservoir, tout ou une partie d'un cours d'eau (rivière, fleuve ou canal) ou bien le volume d'eau souterraine d'une ou plusieurs aquifères.
Les eaux de surface continentales regroupent 2 types de masses d'eau :
Les cours d'eau correspondent à une partie ou à l'entièreté d'une crique ou d'un fleuve. Par exemple le fleuve de l'Oyapock est découpé en 3 masses d'eau. Au total, l'état des lieux de 2019 a identifié et défini 851 masse d'eau "cours d'eau" sur le territoire guyanais.
En Guyane, seul le lac de Petit-Saut est considéré comme un plan d'eau au sens de la DCE. Créé par l'Homme sur le lit d'un ancien cours d'eau pour la production d'hydroélectricité, il est considéré comme une masse d'eau fortement modifiée. Plus de 300 km² de forêt ont été ennoyés, provoquant la décomposition des arbres associée à un phénomène de méthanisation non négligeable. Toutefois, le caractère démesuré de la retenue rend très long dans le temps l’évolution de ce processus.