Au sens de la Directive cadre du l'eau, une "masse d'eau" désigne un lac, un réservoir, tout ou une partie d'un cours d'eau (rivière, fleuve ou canal) ou bien le volume d'eau souterraine d'une ou plusieurs aquifères.
Sur le littoral, les eaux de surface regroupent 2 types de masses d'eau :
Les eaux de transition correspondent aux estuaires des fleuves et se caractérisent donc par une salinité très variable due à la rencontre des eaux douces continentales et de l'eau de la mer.
Les eaux côtières sont à l'interface entre les eaux de transition et les eaux marines du large. Elles sont donc délimitées par la ligne des côtes et s'étend jusqu'à un mille marin. La Guyane compte une seule masse d'eau côtière qui correspond à la façade Atlantique du territoire.
De part le cycle de l'eau, la mer est le réceptacle des eaux douces continentales qui ruissellent par les fleuves, les estuaires ou encore les nappes souterraines. Ces eaux peuvent entraîner avec elles différents contaminants issus des activités humaines venant impacter la qualité des eaux côtières et marines.